Se registra a mano, como cualquier factura de compras y gastos, pero marcando el documento como No deducible.
Sin el archivo XML no hay nada que cargar, así que el registro no parte del comprobante: lo capturas tú. Marcarlo como no deducible es lo que mantiene el gasto fuera de lo que sí ampara un CFDI, sin dejarlo fuera de tus registros: el gasto existe, se contabiliza y afecta tu resultado.
El procedimiento es el mismo que el de cualquier factura de compras y gastos: Registra tu primera factura de compras y gastos. Si es la primera vez que registras una, aquí está qué es y cuándo se usa.
No hay que rehacer el documento. El estado deducible se corrige desde el menú Cambiar de la propia transacción, con la opción Estado deducible del documento. Cómo funciona ese menú: Opciones Acciones y Cambiar.