Sí. Se desglosan los impuestos trasladados y retenidos en el CFDI con complemento para recepción de pagos.
El desglose no va en el cuerpo del comprobante —ahí el campo Total se registra en cero y no se llenan MetodoPago ni FormaPago—, sino dentro del complemento: por cada documento relacionado, cuando el campo ObjetoImpDR es 02 (Sí objeto de impuesto), y por cada pago recibido.
Ten presente que esta respuesta cambió con la versión 4.0 del CFDI. Con el complemento anterior no se desglosaban.
Del lado de Crol este desglose no lo capturas: sale del timbrado del depósito. Cómo funciona: El Recibo Electrónico de Pago del depósito.
Fundamento legal: Guía de llenado del comprobante al que se le incorpore el complemento para recepción de pagos, publicada en el Portal del SAT. El registro del valor cero en Total y la omisión de MetodoPago y FormaPago provienen de la regla 2.7.1.32. de la Resolución Miscelánea Fiscal vigente.