No. Se expide un solo CFDI con complemento para recepción de pagos, y en él se incluyen las referencias a todas las facturas que se liquidan: en el campo identificador del documento va cada uno de los folios fiscales (UUID).
El caso inverso —varios pagos en un mismo comprobante— está en Varios pagos recibidos en un mismo complemento de pago.
Del lado de Crol traes las facturas al depósito y el complemento las relaciona: Registra tu primer depósito.
Fundamento legal: Guía de llenado del comprobante al que se le incorpore el complemento para recepción de pagos, publicada en el Portal del SAT.