Las notas que capturas en cada partida de un documento no se pierden: se consultan en dos reportes, marcando una casilla antes de generar.
La nota aparece en un segundo renglón dentro de la columna Concepto, debajo del concepto al que pertenece. Si dejas la casilla sin marcar, el reporte sale igual pero sin ese renglón.
El equivalente es Reportes > Ventas > Relación de documentos por conceptos de venta, con el mismo comportamiento.
Y en Relación de documentos de venta, que lista los documentos completos en lugar de las partidas, la casilla se llama Mostrar notas. Es el mismo concepto con el nombre en plural: no busques una función distinta.
La nota viaja también en lo que exportes: si generas con la casilla marcada y luego exportas a Excel, PDF o cualquier otro formato, el renglón de la nota va incluido.